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Em uma distribuição Linux tradicional, as atualizações são aplicadas diretamente ao sistema em funcionamento. Pacotes antigos são substituídos, arquivos são modificados e serviços podem ser reiniciados durante o processo.
Se uma falha ocorrer no meio da operação, existe o risco de o sistema ficar com componentes de versões diferentes.
As atualizações atômicas adotam outra filosofia. A nova versão do sistema é preparada separadamente, enquanto a versão atual continua em funcionamento. Quando todo o processo termina, a nova implantação fica pronta para ser utilizada na próxima inicialização.