Existem diversos programas para se lidar com o correio eletrônico (MUA). O programa que normalmente existe em todos os ambientes unix chama-se mail e é apenas para os iniciados devido á sua complexidade. É recomendável entretanto que todos os administradores de sistemas saibam como utilizá-lo devido á sua universalidade, ou seja, podem ser encontrados em praticamente todas as variantes de sistemas Unix.

Existem outros programas tais como pine e elm que tornam o trabalho com o correio eletrônico extremamente simples para usuários comuns. As opções, tanto de domínio público como comerciais são numerosas. Interfaces gráficas com suporte a MIME (Multipurpose Internet Mail Extensions) estão também se tornando cada vez mais comuns.

Recomenda-se que todos os administradores configurem um programa diferente do mail do sistema na criação das contas. O programa sendmail (MTA) é necessário porque a entrega de correio eletrônico raramente é uma tarefa simples. Algumas instituições podem desejar que todas as mensagens sejam direcionadas para um servidor central de correio eletrônico.

Como a tarefa de transportar mensagens frequentemente se extende além dos domínios da máquina local, a necessidade de um MTA separado de um MUA aumenta. O programa sendmail pode enviar mensagens de uma máquina para outra na mesma rede e pode também direcionar mensagens da rede em que se encontra para redes de arquitetura radicalmente diferentes.